Préalable :
A effectuer de préférence dans les toilettes du laboratoire sinon apporter le récipient rapidement, enveloppé dans du papier ou du tissu pour éviter le refroidissement. Le prélèvement doit être fait avant la prise de médicaments et en évitant la prise de laxatifs.

Matériel nécessaire :
Un pot à coproculture ou à défaut un pot de yaourt bien propre. Dans certains pays comme dans le sud du Cameroun, on utilise avantageusement une partie de feuille de bananier ou de macabo, propre et lisse, que l'on plie ensuite puis que l'on noue avec un brin de raphia.

Mode opératoire :

Recueillir toutes les selles, les classer en différentes catégories :

1. selles moulées
2. selles pâteuses ou molles
3. selles liquides
4. selles diarrhéiques

Noter la présence éventuelle de mucus, de sang, de pus.
Les selles trop dures seront difficiles à analyser, on ne retrouve pas de formes végétatives de protozoaires, il faut mettre en suspension les matières fécales pour rechercher kystes et œufs, ce qui est long.
Les selles trop liquides diluent les éléments parasitaires, il faut donc tout d'abord centrifuger le liquide pour le concentrer, comme pour la technique du culot urinaire.

Désinfection du matériel :

On peut se reporter aux chapitres d'hygiène et de sécurité.
Les selles doivent être jetées après avoir été décontaminées par de l'eau de javel ajoutée dans le pot de selles. Le matériel à usage unique doit être plongé dans de l'eau de javel avant destruction (penser à séparer lame et lamelle pour récupérer la lame, si on en manque).